%0 Thesis
%A González de Aledo Ferrández, Manuel
%T Temperate phages (prophages) and phage tail-like bacteriocins in the genomes of Pseudomonas aeruginosa isolates from nosocomial environments
%T Fagos atemperados (profagos) y bacteriocinas similares a colas de fago en los genomas de aislados de Pseudomonas aeruginosa de ambientes nosocomiales
%D 2026
%U https://hdl.handle.net/20.500.14352/132310
%X Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous pathogen responsible for a number of infections, often from nosocomial origin. The unique combination of antibiotic resistance genes and virulence factors has flagged this bacterium as one of the biggest threats to global health. Among the approximately 6.2 million base pairs that conform its genome, temperate phages -namely prophages- contribute the most to genomic diversity in P. aeruginosa.In this thesis, the genomes of different P. aeruginosa strains from hospitals in Portugal, The Netherlands, Ukraine, and Spain have been sequenced and analyzed through various bioinformatic approaches. With this information, the presence, abundance, and composition of prophages and phage tail-like bacteriocins (PTLBs) were studied. In Chapter 1, the genomes of 53 P. aeruginosa isolates from Portuguese and Spanish Intensive Care Units were analyzed. A total of 113 prophages were identified within the collection, being 13 of them integral and present in more than one strain simultaneously. All prophages had a length ranging from 20,199 to 63,401 bp and a GC% between 56.2% and 63.6%. The number of open reading frames (ORFs) oscillated between 32 and 88, and in 3/13 prophages, more than 50% of the ORFs had an unknown function. A number of proteins in relation to viral defense and to prophage interference into their host's quorum sensing system and regulatory cascades were found, supporting the idea that prophages have an influence in bacterial pathogenesis and anti-phage defense...
%X Pseudomonas aeruginosa es un patógeno ubicuo causante de una gran variedad de infecciones, a menudo de origen nosocomial. La combinación peculiar de genes de virulencia y de resistencia antimicrobiana ha posicionado a esta bacteria como una de las mayores amenazas a la salud global. De entre los aproximadamente 6,2 millones de pares de bases de su genoma, los fagos atemperados -o profagos- contribuyen en su mayoría a la diversidad genómica de P. aeruginosa. En esta tesis, los genomas de diferentes cepas de P. aeruginosa procedentes de hospitales en Portugal, Países Bajos, Ucrania y España fueron secuenciados y analizados a través de diferentes herramientas bioinformáticas. Con esta información se estudió la presencia, abundancia y composición de los profagos y bacteriocinas similares a las colas de fago (PTLBs).En el Capítulo 1 se estudiaron los genomas de 53 cepas de P. aeruginosa aislados de pacientes críticos de Portugal y España. Un total de 113 profagos fueron identificados en la colección, 13 de ellos íntegros y presentes en más de una cepa simultáneamente. Todos los profagos tenían una longitud entre 20.199 a 63.401 pares de bases y un contenido en GC entre 56,2% y 63,6%. El número de marcos de lectura abiertos variaba entre 32 y 88, y en 3/13 profagos más del 50% de ellos tenían función desconocida. También se describieron proteínas de defensa viral e interferencia con el sistema de quorum sensing y cascadas regulatorias, apoyando la idea de que los profagos pueden influenciar en la patogénesis bacteriana y en la defensa anti-fago...
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