Genome-Wide Copy Number Profiles From Tumour DNA Targeted Sequencing

Abstract

Capture-based targeted sequencing is routinely used for small variant detection in cancerclinical care. Alongside on-target DNA, off-target DNA is also sequenced. These off-targetreads are distributed across the genome, offering the potential for a whole genome copynumber profile to be extracted with no extra experimental requirements.However, off-target reads exhibit sources of bias that need to be corrected to enable robustgenome-wide copy number profiling. Current correction approaches typically require normaltissues to be used as a reference to account for these biases. Unfortunately, in most clinicalworkflows, normal tissue profiling is not performed. For that reason, current approaches inthe clinic are limited to providing the copy number status of single genes. Alternatively asingle nucleotide polymorphism (SNP) backbone is added to the assay to facilitategenome-wide copy number interrogation, but this requires additional experimental work...

La secuenciación dirigida basada en capturas se utiliza rutinariamente para la detección de pequeñas variantes en la atención clínica del cáncer. Estas tecnologías, además de secuenciar el ADN objetivo, también secuencian ADN fuera del objetivo, producto de una falta de eficiencia completa. Esto conlleva a generar lecturas aparentemente no deseadas que se distribuyen a lo largo de todo el genoma, lo que paradójicamente ofrece la posibilidad de extraer un perfil de número de copias de genoma completo sin necesidad de requisitos experimentales adicionales. Sin embargo, estas lecturas muestran fuentes de sesgo que deben corregirse para permitir un perfil robusto del número de copias. Las soluciones computacionales actuales requieren el uso de tejidos normales (no tumorales)como referencia para corregir estos sesgos. Por desgracia, en la mayoría de los flujos de trabajo clínicos no se secuencia el tejido normal del paciente, por lo que en la clínica es habitual que únicamente se proporcione el estado del número de copias de genes individuales que forman parte del ADN objetivo. Alternativamente, en algunos casos se secuencian también polimorfismos de nucleótido único (SNPs) a lo largo del genoma para facilitar la interrogación del número de copias a nivel de genoma completo, pero esto requiere trabajo experimental adicional...