Extracción de información en informes médicos

Abstract

El acceso a la información contenida dentro de un informe médico es vital tanto para la investigación como para el tratamiento de los pacientes. Sin embargo, la información relevante suele estar escrita en lenguaje natural, por lo su procesamiento automático no es una tarea trivial. Con este objetivo en mente, hemos desarrollado un sistema capaz de obtener un archivo que represente el contenido más relevante de un informe clínico. Como parte de esta representación se deberán detectar aquellos conceptos médicos pertenecientes a una de las ontologías más utilizadas en este ámbito, UMLS. Además previamente se realizará un proceso automático de corrección ortográfica, expansión de acrónimos y detección de frases afirmadas, negadas y especuladas. Todo esto en dos de los idiomas más hablados a nivel mundial: español e inglés. Esta representación permitirá a su vez desarrollar aplicaciones que la utilicen, por lo que se ha implementado también un buscador de informes médicos como ejemplo de ello. Por último, como parte de este trabajo, también se incluye todo el proceso seguido durante nuestra participación en el Conference and Labs of the Evaluation Forum del año 2013, una de las organizaciones más conocidas a nivel internacional en el campo de la recuperación de información, así como el artículo científico desarrollado para la misma. [ABSTRACT] The information inside a medial report it’s very important for researchers and for the patient. But this information is usually written in natural language, so automatic processing isn’t a trivial task. With this target in mind, we developed a system that is able to generate a representation which contains the most relevant information in a medical report. It detects medical concepts from one of most popular biomedical ontologies, UMLS. Previously will also perform a spelling correction, acronym expansion and affirmed, negated and speculated sentences detection. All this process could be executed into the two most spoken languages in the world, English and Spanish. The representation will allow us to develop applications that use it. In fact it’s been including a searcher for medical reports to show an example of what can be done with our software. Finally, as part of this work, we explain our experience in our participation into the Conference and Labs of the Evaluation Forum 2013, a self-organized body whose is wellknown in the international IR community, and the paper generate for it.