FastUMLS: Extracción de conceptos en textos biomédicos

Abstract

Identificar y extraer cuáles son los conceptos clave relacionados con un texto es un proceso que toma cada mayor importancia en Medicina y en Bilogía Molecular dado el incremento exponencial de información existente en forma de artículos científicos, descripciones de experimentos, y anotaciones a enfermedades, medicamentos y procesos. En este trabajo se muestra una herramienta para la anotación automática de textos con conceptos formales definidos en la Ontología del Metathesaurus del Unified Medical Language System (UMLS). El método propuesto no se basa en el acercamiento tradicional propuesto por las herramientas de Procesamiento de Lenguaje Natural (PLN) sino en la ponderación de los conceptos de acuerdo a las frecuencias de aparición de las palabras buscadas en las definiciones. Se informa de los resultados de diferentes experimentos que comparan los resultados obtenidos con los conceptos ofrecidos por herramientas tradicionales y de pruebas revisadas por investigadores expertos y autores de artículos que han sido procesados por la herramienta. Los resultados demuestran que FastUMLS extrae de forma efectiva conceptos sobre textos biomédicos en tiempos más que razonables. Puede accederse libremente a FastUMLS en la dirección: http://bisaurin.dacya.ucm.es:8283/fastumls