Activación conformacional inducida por DNA de la proteína RepA: estudios mediante espectroscopía de fluorescencia

Abstract

La unión de la proteína iniciadora de la replicación del plásmido pPS10 (RepA) a las secuencias específicas del operador (IR) y de un iterón (1DR) había sido ya estudiadas en nuestro grupo por técnicas EMSA (Giraldo y cols., 1998). Uno de los primeros objetivos en este trabajo radicaba en la caracterización espectroscópica del único residuo de triptófano (Trp94) de RepA para explorar su potencialidad como sonda: i) en el estudio de la interacción de la proteína con las secuencias del operador y de un iterón en disolución y ii) donador en estudios de transferencia de energía en RepA. El estudio de estas interacciones tanto en soluciones ideales como en condiciones de aglomeración macromolecular mediante técnicas de espectroscopia de fluorescencia en estado estacionario y en resolución temporal empleando una sonda fluorescente extrínseca. La estructura del dímero de RepA comparada con la del monómero del iniciador homólogo RepE muestra que la disociación de los dímeros en monómeros lleva consigo un cambio estructural, que se materializa en un incremento en la estructura β-laminar a costa del componente α-helicoidal, compatible con los resultados espectroscópicos obtenidos previamente en nuestro laboratorio (Díaz-López, 2003; Giraldo y cols., 2003). Asimismo dicho cambio conformacional resulta en una alteración de la compacidad entre los dos dominios de RepA (Giraldo 98; 2004). Por lo tanto, nos propusimos estudiar estos cambios estructurales mediante técnicas FRET que nos permitieran estimar distancias entre el Trp94 intrínseco de la proteína RepA (donador) y otros residuos de la misma marcados covalentemente con una sonda fluorescente (aceptor), tanto en el estado dimérico como en el monomérico.