Epidemiología molecular de la parotiditis en España (2005-2020) y caracterización genómica de las variantes que circulan en una población altamente vacunada

Abstract

Esta Tesis Doctoral presenta una investigación exhaustiva sobre la epidemiología molecular de la parotiditis en España a lo largo de las últimas dos décadas y en tres ondas epidémicas (primera: 2005-2009, segunda:2010-2014 y tercera: 2015-2020).Se destaca el reemplazo del genotipo H por el genotipo G del virus de la parotiditis (VP) en 2005, coincidiendo con el final del período de mínima incidencia histórica de la enfermedad en España, hecho que puso de manifiesto la importancia de mantener la vigilancia molecular en momentos de baja incidencia, debido a que pueden venir sucedidas de cambios en el genotipo dominante. Desde la introducción del genotipo G y durante las dos primeras ondas epidémicas, solo una variante fue detectada mediante la herramienta molecular recomendada por la Organización Mundial de la Salud, el genotipado por secuenciación del gen SH, siendo necesario diseñar herramientas moleculares adicionales que permitieran aumentar la resolución. Las regiones no codificantes del genoma (NCR) aportaron información complementaria a la secuencia SH y revelaron un reemplazo de estirpe entre ondas pertenecientes a la misma variante de SH, que había pasado desapercibido...This thesis presents an exhaustive investigation about the molecular epidemiology of mumps in Spain, over the last two decades, along three epidemic waves (first one: 2005-2009, second one: 2010-2014 and thirst 2015-2020).The replacement of genotype H by mumps virus genotype G in 2005 in Spain was coincident with the end of the historical period with lowest incidence rate of the disease. This supports the importance of maintaining molecular surveillance during periods of low incidence rate, since changes in the dominant genotype could follow. After the introduction of mumps virus (MuV) genotype G and during the first two epidemic waves, only one viral variant was detected by the molecular tool recommended by the World Health Organization, namely, genotyping by sequencing of the SH gene. This revealed the need for the development of additional molecular tools, in order to increase the resolution. Genomic Non-Coding Regions (NCR) provided complementary information to the SH sequence, revealing unnoticed lineage replacements between epidemic waves of the same variant...