BIOSEQ: una librería para bioinformática en R

Abstract

Este trabajo desarrolla temas de programación avanzada en R, como la programación orientada a objetos o el desarrollo de librerías externas C para el diseño y desarrollo de paquetes R. Además, describe la estructura de carpetas y archivos de un paquete R y el proceso de verificación y compilación necesario para su distribución. Por último, describe las funciones Smith-Waterman y Needleman-Wunsch para alineamiento de secuencias, incluidas en la librería BioSeq. [ABSTRACT] This document focuses on advanced topics in R programming useful for package development, covering Object Oriented Programming and the interface with C libraries. This work also describes the structure of an R packages and its contents, and the compilation process necessary for distribution. Finally, it describes Smith-Waterman and Needleman-Wunsch functions for sequence alignment which are included in BioSeq package